Slávneho režiséra ľudia videli naposledy na pohrebe Mekyho Žbirku v novembri 2021 v Prahe. Už tam pôsobil mimoriadne krehko, akoby z neho zdravotné problémy vysávali všetky sily. V tom istom roku mu diagnostikovali vážne problémy s obličkami a musel byť dlhodobo hospitalizovaný. Jeho zdravie však bolo podlomené omnoho viac, ako si verejnosť myslela.

To priznala Deana českému Blesku, keď opisovala posledné minúty života jej milovaného manžela. „Išla som za sanitkou taxíkom. Keď sme došli do IKEM-u, Juraj už nedýchal. Vyzeral však uvoľnene a pokojne,“ povedala Blesku vyčerpane jeho manželka Deana Jakubisková. Sanitku zavolala preto, že na manželovi videla, že mu nie je dobre.